三校合并后的图书馆工会成立于2002年3月，文理、工学、医学三个馆共有工会小组二十三个。2005年9月，根据工作需要，经图书馆党政同意，并报请了校工会批准，图书馆对工会组织进行了调整补充。为了落实学校工会的有关要求，进一步建立健全工会组织，2006年1月成立了“图书馆人事争议调解小组”，同年4月成立了“图书馆女工委员会”，2007年6月成立了“图书馆青工委员会”。2017年，第三届“图书馆工会委员会”成立，工会组织进一步建全，委员会包括主席、副主席及组织委员、民管委员、宣教委员、女工委员、青工委员、生活委员、文体委员和经审委员。文理图书馆、工学图书馆、医学图书馆、江安图书馆共有工会小组十个。2022年，第四届“图书馆工会委员会”成立，同时成立“图书馆女工委员会”，图书馆工会下设7个小组。图书馆现有工会会员174人，其中在职职工会员154人，外聘员工会员18人。”图书馆工会在校工会和图书馆党委的领导下，根据工会的四项基本职能，开展各项工作。